Moderna agronomija se ne posveča samo rastlinski pridelavi, ampak skuša okolje, v katerem ta pridelava poteka, razumeti širše. Znanstveno področje agronomije uvaja podiplomske študente v raziskave interakcij kmetijske proizvodnje in drugih, z okoljem povezanih dejavnosti človeka.

Težišče področja je preučevanje zakonitosti zgradbe in delovanja  agro- in drugih ekosistemov, preučevanje odzivov rastlin in drugih sobivajočih organizmov na abiotske in biotske okoljske dejavnike ter na kmetijske tehnologije. Program obravnava in analizira učinke globalnih okoljskih sprememb ter onesnaževanja na rastline, tla in podnebje in išče nove tehnologije, ki bodo omogočale trajnostni razvoj na področju kmetijstva in sorodnih dejavnosti, ohranjale biodiverziteto in okolje.

Omenjene vsebine so zajete v treh temeljnih predmetih: Agroekosistemi in okolje, Agroekosistemi in onesnažila, Biotske interakcije v agroekosistemih in varstvo rastlin ter v spremljajočih izbirnih predmetih. Interdisciplinarno zasnovan predmetnik omogoča študentu, da pridobi celosten uvid v področje, kar je glede na kompleksnost (agro)ekosistemov zelo pomembno. Po drugi strani izbirni predmeti omogočajo osredotočeno obravnavo izbranih vsebin. Znanja, pridobljena v okviru metodoloških predmetov, doktoranda opremijo za kompetentno raziskovanje agroekosistemov.